تنها چیزی که برای دولت فدرال امارات مشکل ساز بود حفظ اتحاد بین هفت امیرنشین بود که پیش از این رقیب و از یکدیگر جدا بودند . موسساتی که بر اساس نظام فدرال به وجود آمده بود ، ماهیت قبیله ای روابط منطقه را تغییر نداد و رقابت و درگیری بین شیخ های حاکم ، بر سر مرزها و منابع ، همچنان ادامه پیدا کرد . علاوه بر این ، شیخ ها از روی حسادت و رقابت فقط به حفظ استقلال امیرنشین خود فکر می کردند . یکی از اولین امتحانات اتحاد ، درست یک ماه بعد از استقلال امارات اتفاق افتاد . زمانی که حاکم شارجه شیخ خالد بن محمد در اقدامی قاطعانه که پسر عمویش طراحی کرده بود ، ترور شد ؛ دولت جدید فدرال وارد عمل شد و توانست با موفقیت ، حاکم جدید را منصوب کند . این عمل نشان داد که دولت فدرال می تواند تهدیدات پیش روی اتحاد را دفع کند .

اتحاد دولت فدرال در سال 1972 ، با درگیری بین شارجه و همسایه اش فجیره ، با مشکل مواجه شد . حاکم فجیره شیخ محمد الشرقی اعلام کرد که می خواهد به رئیس کشور امارات ، شیخ زائد ، باغ میوه ای در قلمروش هدیه دهد . این باغ با آب چاهی آبیاری می شد که سال های سال ، هم ساکنان شارجه و هم ساکنان فجیری از آب آن اسفاده می کردند ؛ همین مسئله باعث به وجود آمدن درگیری نظامی بین این دو امیرنشین شد ؛ این درگیری بیست کشته بر جای گذاشت و زمانی متوقف شد که نیروهای ابوظبی در این منطقه مستقر شدند تا از تقسیم آب چاه مطمئن شوند .

سخت تر از آن ،  حل اختلاف بین دبی و شارجه بود که در سال 1975 اتفاق افتاد . این اختلاف به این دلیل به وجود آمد که شارجه قصد داشت در زمینی که دبی مالکیت آن را داشت ، مرکز خریدی بسازد . این اختلاف سال ها طول کشید و هر دو طرف با پذیرفتن داوری شخصی بی طرف این اختلاف را حل و فصل کردند .

اختلاف مهم دیگری نیز بین ابوظبی و دبی پدید آمد . هر چند این دو امیرنشین ، در آغاز ، مهم ترین طرفداران دولت فدرال امارات بودند که امارات متحد عربی را به وجود آورده بود ، اما در گذشته رقیب یکدیگر بودند و حاکمانشان نظرهای مختلفی درباره چگونگی سپردن مسئولیت به دولت جدید فدرال داشتند . زائد با ثروت چاه های نفت ابوظبی ، به دولت فدرال امارات مقدار زیادی سوبسید ( یارانه ) می داد و این موضوع دولت را به سوی یک دولت فدرال قدرتمند سوق می داد . از سوی دیگر ، شیخ راشد بن سعید آل مکتوم ، حاکم دبی ، سعی می کرد که قدرت محلی بیشتری کسب کند تا تجارت دریایی سنتی و دیگر اقدامات اقتصادی اش را بدون دخالت دولت فدرال دنبال کند . دبی که ذخایر نفتی کمتری نسبت به امارات داشت نسبت به پرداخت سهمش از هزینه های دولت فدرال امارات بی میل بود و دولت فدرال را نوعی دستگاه اداری غیر ضروری می دانست .

حتما بخوانید : تاریخ امارات – شیخ نشین های خلیج فارس

اختلاف بین این دو امیرنشین باعث به وجود آمدن بحران سیاسی مهمی برای امارات متحد عربی شد . راشد و دیگر شیخ های حاکم ، از تصویب پیش نویس قانون اساسی امتناع کردند ، زیرا این پیش نویس دولت فدرال امارات را قدرتمند تر می کرد و دبی را موظف می کرد که همکاری اش را با دولت فدرال افزایش دهد . در پاسخ به این عمل ، زائد تهدید کرد که دوره جدید ریاست را قبول نخواهد کرد . شیخ راشد و دیگر حاکمان برای این که شیخ  زائد را متقاعد کنند که در مقام ریاست کشور باقی بماند ، با دادن امتیازات خاص ، برای عمل به خواسته های او ، در جهت قدرتمند کردن دولت فدرال موفقت کردند . یکی از این امتیازات برای اولین بار نیروهای دفاعی و امنیتی امارات را یکی می کرد و نیروهای نظامی فدرال  را به وجود می آورد .

با وجود این ، قرارداد مذکور ضعیف بود و جوابگوی بسیاری از مسائل دیگر دولت فدرال از قبیل تلفیق سیاست های اقتصادی و مهاجرت نبود . در واقع ، مسئله چقدر قدرتمند شدن دولت فدرال امارات متحد عربی موضوع بحث سال های آینده بود .

این اختلاف و اختلافات مشابه دیگر بین امیرنشین ها مانع پذرفتن قانون اساسی دائمی شد . در عوض ، قانون اساسی موقت که در سال 1971 پذیرفته شده بود ، در سه دوره پنج ساله از 1976 تا 1991 توسعه یافت . نهایتا در ژوئن 1996 امارات متحد عربی قانون اساسی دائمی را تسویب کرد . این قانون اساسی ثابت ابوظبی را پایتخت کشور معرفی و ماده های قانونی موقت را ثابت کرد .